В периода между двете световни войни Софийският митрополит Стефан се утвърждава като една от най-харизматичните и силни личности в Св. Синод и изцяло се посвещава на две ключови каузи:
- грижата за руските бежанци у нас и
- изобличаването на болшевизма и тоталитаризма.
Той е един от най-активните духовници в делото за спасяването на българските евреи. Паметно е неговото слово след молебена по случай 24 май през 1943 г., в което заклеймява плана за депортация на еврейското население.